Toen Stekene nog een dorp aan de rand van een wildernis was, stond er op de plaats van de Heilig Kruiskerk waarschijnlijk al een kerkje. Rond 1220 werd de basis van de huidige kerk gebouwd, die door de eeuwen heen nog geregeld is uitgebreid en verbouwd.
De voornaamste verbouwingswerken vonden plaats in 1548 en 1898. Na de restauratie van het dak van de kerk en de gevel, werd de kerk binnenin prachtig geschilderd. Het meubilair in de kerk bestaat uit fijn houtsnijwerk (18de en 19de eeuw) en in het koorgedeelte is een unieke fundatiesteen uit 1407 zichtbaar aanwezig.
Op de zuidelijke buitengevel bevindt zich een originele zonnewijzer uit 1773. In de schaduw van het kerkgebouw is in 1998 een beeld van een naakte zittende vrouw opgericht. Dit beeld is geplaatst ter herinnering aan 200 jaar Boerenkrijg.
De neogotische kerk is sinds 1981 beschermd als monument.
